Comment faire des amorces d`oligonucléotides pour la PCR
L`amorce sens que vous allez faire doit correspondre avec l`ADN du côté opposé, ou brin complémentaire. En d`autres termes, il doit se composer des premiers nucléotides de votre séquence d`intérêt. L`amorce inverse a de se lier à la fin du gène d`intérêt et imiter le brin complémentaire.
L`utilisation d`un traitement de texte ou d`un programme plus spécialisé pour l`ADN, regardez la séquence d`ADN que vous souhaitez amplifier. Prenez note des premières 18-24 paires de bases et les 18-24 dernières paires de bases. Ils ne doivent pas être trouvées ailleurs dans votre échantillon d`ADN, ce qui pourrait être commun pour les zones qui se répètent. Dans ce cas, vous finirez avec votre amorce se liant à de multiples domaines au sein de votre échantillon et les résultats PCR de longueur variable.
Vidéo: BLAST - PCR Primers Design
Notez les premiers et derniers segments d`ADN que vous regardiez dans la première étape. Par exemple, supposons que la séquence commençait ATGGAATTCACGATCGATCGT et le dernier était GGGTGCGAACACGGACTTAG. Dans cet exemple, nous l`amorçage pour le début et la fin d`un gène particulier.
Vidéo: Forward and reverse, sense and antisense primers
Prenez la première séquence 18-24 paires de bases (dans l`exemple, il est ATGGAATTCACGATCGATCGT) et l`insérer dans un autre document pour faire l`amorce sens. Enregistrer avec le nom de la région à réamorcer et le fait qu`il est une amorce avant.
Notez les 18-24 dernières paires de bases de la séquence d`intérêt (GGGTGCGAACACGGACTTAG dans l`exemple) pour créer l`amorce inverse. Écrire les nucleotides complémentaires de la séquence qui représente l`autre côté. Chacune des quatre bases de l`une des paires de nucléotides avec une seule autre base: l`adénine (A) avec la thymine (T) et la cytosine (C) avec la guanine (G). Une fois que vous avez l`autre brin complémentaire, vous voulez inverser l`ordre de tous les nucléotides de la chaîne en réécrivant dans le sens contraire. Lorsque cela est terminé, prenez votre nouvelle séquence complétée et inversée et l`enregistrer dans un document correctement étiquetés.
Allez sur le site de votre fournisseur et insérez la séquence avec le compte de facturation pertinente (généralement attaché à un laboratoire), la concentration et d`autres modifications spéciales. Passer votre commande.