Comment convertir un fichier TXT à FASTA

Ouvrez le fichier texte de séquence de la protéine que vous souhaitez modifier dans un programme d`édition de texte tel que le Bloc-notes.

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Modifier ou ajouter la ligne de description pour suivre le format FASTA. Par exemple,> gi | 129295 | sp | P01013 | OVAX_CHICK GENE X PROTÉINES (ovalbumine VOISINS) est une ligne de description FASTA valide. Cette ligne fournit une description unique pour les lignes de données de séquence qui suivent. Le format FASTA nécessite l`utilisation du symbole supérieur (>) de sorte que le logiciel peut identifier les informations descriptives uniques et d`éviter le traitement de la description comme une ligne de séquence de données de protéines.

Appuyez sur la touche « Entrée » pour insérer un saut de ligne une fois la ligne de description est modifiée.

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Modifier ou ajouter la séquence de protéine format ligne de données pour se conformer aux codes standard IUB / IUPAC. La norme IUB / IUPAC utilise les lettres de l`alphabet pour représenter les codes acceptables ou des séquences de requête pour des acides aminés ou des acides nucléiques dans le format FASTA. Par exemple, QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE
représente une ligne de données de séquences valides car elle commence par la lettre « Q » représente la glutamine, et se termine par la lettre « E » représente le glutamate.

Ajouter des lignes de données de séquence, modifier les lignes de données de séquences existantes ou ajouter des sauts de ligne après 80 caractères au besoin. Adhérant aux normes de ligne de données de séquence FASTA et les sauts de ligne assure que le programme suit les instructions relatives à la glutamine, le glutamate et d`autres codes de lettre. Les lettres de la norme IUB / IUPAC sont tout simplement des instructions au logiciel qui traite les données au format FASTA.

Cliquez sur le bouton « Fichier », sélectionnez « Enregistrer » puis cliquez sur « Enregistrer ». Votre fichier TXT est maintenant au format FASTA.